Корневища. В тибетской медицине применяют при пневмонии, эндометрите, заболеваниях почек, вызванных травмой, при внутренних кровоизлияниях; в монгольской — жаропонижающее при желудочно-кишечных заболеваниях и болезнях сердечно-сосудистой системы, а также в составе сборов, особенно при инфекционных заболеваниях. В народной медицине отвар — как усиливающее потенцию средство и при отсутствии менструаций; местно — при гнойных ранах, ушибах, порезах, ожогах. В Забайкалье (настой) — при болезнях печени. В Казахстане (отвар) — при респираторных инфекциях.

       Корневища, надземная часть. На Дальнем Востоке (отвар) — для спринцеваний при эрозии шейки матки, раке матки.

      Надземная часть. В практической медицине (в составе сборов) — при диффузном гломерулонефрите; горячий настой  — при гастроэнтерите, скрофулезе; сок (наружно) — примочки; настой (внутрь) — при дерматозах и дерматитах с болевым синдромом.

     В народной медицине надземная часть растертая в виде кашицы применяется наружно — при инфильтрате молочной железы, хронических язвах, нарывах, абсцессах, фурункулах; порошок (внутрь) — при дизентерии; сок — при сахарном диабете; наружно — при карциноме и как болеутоляющее — при раке кожи; сок, настой, отвар — при нефрите, мочекаменной и других болезнях почек, отеках, диарее, диспепсии, гастралгии, кишечных коликах, эпилепсии, конвульсиях у детей, как седативное при неврастении, истерии; внутрь и наружно (в виде примочек, обмываний и ванн) — при скрофулезе, кожных заболеваниях; местно — при язвах, нарывах.

    Стебли, листья подмаренника применяют местно (порошок, присыпка) — при язвах.

    Стебли, листья, цветки. Мазь из сока — при нарывах, ранах.

     Листья, цветки подмарённика. Измельченные (кашица из листьев), порошок (из цветков) наружно — при кожных заболеваниях, нарывах.

      В народной медицине летом используют сок подмаренника по 15—20 мл 3 раза в день, а зимой применяют отвар из травы, приготовленный в соотношении 1:20. Принимают его по 1 ст. ложки 3 раза в день при болезнях почек, водянке, фурункулах, экземе, раке, труднозаживающих ранах и язвах. Сок подмаренника обладает выраженным кровоостанавливающим свойством.

    Для лечения застарелых язв, плохозаживающих ран, гнойничков и т.п. можно применять сок подмаренника наружно или использовать присыпку из растертых его цветков.

     Настой травы подмаренника настоящего: 4 столовые ложки сырья заливают 400 мл кипятка, настаивают 4 ч, затем процеживают. Применяют для ванн, обмываний и примочек при кожных заболеваниях, ранах и язвах.

    Сок подмаренника настоящего: принимают по 2 чайные ложки свежего сока 3 раза в день с чайной ложкой меда после еды.

    Мазь из цветков подмаренника настоящего: 10 г сушеного измельченного сырья растирают в ступке со 100 г свежего несоленого сливочного масла.

     Внимание! Растение ядовито в период цветения, на горных пастбищах вызывает массовое заболевание коз и овец.